Het thema ‘De Gouden Eeuw’ vertelt het verhaal van de ingrijpende veranderingen in de perceptie van de wereld die plaatsvonden in deze ‘lange 17de eeuw’.
In de thema bevinden zich o.a. verhalen over de landkaarten van Blaeu, natuurtekeningen van Maria Sibylla Merian en natuurlijk het microscoopje van Antoni van Leeuwenhoek.