Rijksmuseum Boerhaave is uitgeroepen tot European Museum of the Year 2019. Dit is de oudste en meest prestigieuze museumprijs in Europa en draagt bij aan het onder het voetlicht brengen van innovaties in de museumsector over het hele continent. Rijksmuseum Boerhaave ontving de prijs voor de vernieuwende manier waarop de laatste technologieën en persoonlijke verhalen worden gebruikt om wetenschap en geneeskunde voor het voetlicht te brengen. De internationale jury roemt het geheel vernieuwde wetenschapsmuseum in Leiden:
"De uitzonderlijke publiekskwaliteit van dit museum komt voort uit zijn kunstzinnige benadering van wetenschapscommunicatie. Belangrijke en fraaie objecten worden geïnterpreteerd met behulp van de nieuwste technologieën en met persoonlijke verhalen van degenen die gedreven worden door hun passie voor het verwerven van kennis. Het resultaat is wetenschap met een menselijk gezicht, die nieuwsgierigheid en verwondering opwekt en een breed publiek betrekt bij debatten over belangrijke wetenschappelijke en ethische vraagstukken van onze tijd."
Het museum valt regelmatig in de prijzen. Hieronder een overzicht.